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予選にとどまらず、全国大会においても無敵を誇っていたマジックシザーズ・高橋兄弟を擁する豊川高校。ＧＫ白石健二（しらいし・けんじ）を欠いた布陣で試合に臨む掛川イレブンは、激しい点の取り合い合戦を制し、豊川を撃破した。ついに掴んだ国立競技場への切符。準決勝第一試合、前山工業対掛川高校の試合がついに始まった――。
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全国高校サッカー選手権大会。掛川高校と前山工業の決勝をかけた試合が始まった!! ピッチを支配するのは「双頭の竜」……!!!! 前山の”攻めの司令塔”ヴィリーと、”守りの司令塔”東（あずま）。二つの”頭＝司令塔”をたくみに操る前山とのゲーム、掛川は思った以上の苦戦を強いられることに。しかも、ヴィリーからは、「狼（おおかみ）の牙（きば）」と呼ばれる”殺人シュート”が飛び出して――掛川、圧倒的なピンチに!?
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全国高校サッカー選手権大会準決勝戦、掛川高校vs. 前山工業!! 前山１点リードの状態で、なんとか迎えた後半戦。圧倒的な攻勢を受け、防戦一方だった掛川だが、「前山のゾーンプレス攻撃の盲点」をついた作戦を実行することで、待望の１点をもぎ取ることに！ しかし、キーパーと激突したトシが気絶してしまい、フィールドの外に運ばれてしまうことに……。はたして掛川は、10人で守りきることができるのか……!?
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掛川高校、全国高校サッカー選手権大会決勝戦へ!!!! 掛川を迎え撃つのは、高校サッカー界の王者・帝光学園。大歓声の中、いよいよキックオフ！ 和広（かずひろ）の「消えるヒールショット」からボールはトシへと渡り「幻の左」炸裂（さくれつ）、帝光のゴールを襲う!! しかし、帝光キーパー・草薙（くさなぎ）は、和弘のヒールショットをすでに見破っており……!?
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全国高校サッカー選手権大会決勝戦！ 掛川高校がはなつ渾身（こんしん）のシュートは、帝光のキーパー・草薙（くさなぎ）を前に、苦戦……。しかし和広（かずひろ）の個人技と連携プレーで、帝光を翻弄（ほんろう）する！ 掛川、シュートのチャンス到来！と思ったが束の間、帝光の主将・岩上（いわかみ）に止められてしまう！ 「日本サッカー界の至宝」とまで言われる男、帝光学園・岩上がついに動き出す!!
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全国高校サッカー選手権大会・決勝戦。掛川VS.帝光の試合は、個と個、チーム対チームの、決勝戦にふさわしいハイレベルな闘いが繰り広げられていた。そんな中、互いのチームがゾーンディフェンスに切り替わる！ 試合を左右するのは神谷（かみや）と岩上（いわかみ）、二人のゲームメーカーだ。先制点を上げるのは帝光か掛川か――。そして怒涛の後半戦、帝光の新たな秘密兵器が現れる!!
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帝光の１年生木之内（きのうち）は、和広をつぶすために送り込まれた秘密兵器だった！ 和弘に徹底的に喰らいついた木之内はボールをキープ、そこに恩田が”黄金の左”でシュートを放つ！ 後半20分、ついに帝光が先制点をあげた。絶体絶命のピンチを切り抜ける秘策は、トシと和広、二人が放つツープラトンシュート!! ボールは惜しくもはずれ、勝敗の行方はロスタイムへと持ち越した!!
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全国高校サッカー選手権大会・決勝戦。神谷の執念のゴールで、ついに試合は延長戦へ！ ケガの手当てに下がった神谷が復帰した後半。残り２分、傷めた足でスルーパスを放った神谷の執念が、和広に届く！ 恩田の徹底マークに、和広が見せたのはダブルを越えるトリプルヒールショット!! 奇跡は再び起こるのか!?
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全国高校サッカー選手権をみごとに優勝で飾った掛川高校。トシを含め、５人のメンバーがジャパンユース代表に選ばれた。かつてのライバルたちが、今度はチームメートとして世界を相手に戦う。最終メンバー決定に向け合宿が始まり、猛練習に励むメンバーたち。だが、突然現れた光岡という男のプレーを見て、一同は愕然とする。彼のプレーは、亡き久保にそっくりだったのだ!!
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亡き久保にそっくりなプレーをするブラジル代表・光岡があらわれたことで、トシたち、ユース日本代表候補メンバーは激しく動揺する。必要以上に、光岡に対して攻撃的な態度をとる岩上。このままではチームが一つになれないと感じたセルシオ監督は、いきなり、紅白戦を行うと宣言。バラバラなチームが、ゲームを通して次第に一つにまとまり始める。最強のジャパンユースの誕生だ！
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トシたちの前に、光岡を連れ戻しにきたブラジルユースの選手たちが現れる。サッカーで決着をつけることになったトシたちは、４人対11人という条件にも関わらず苦戦を強いられる。しかし、トシのサブマリンシュートに度肝を抜かれたブラジルチームは戦意喪失し、ブラジルに帰って行った。そんな中、確実に力をつけていくトシたちと闘いたいという気持ちを抑えられなくなった光岡は、自らブラジルへと戻っていった。
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全日本ユースのメンバーに選ばれた、掛高メンバー５人は、ドイツ・フランクフルトにやったきた。さっそく、「ドイツの至宝」ルディ・エリックの驚異的なプレーに圧倒されるトシたち。しかもドイツには、あのヴィリー・ラインハルトをも恐れさせる、「皇帝を継ぐ者」と呼ばれる男、カイゼル・フォン・バッハブルグがいた――。史上最強のジャパンユースが、いよいよ世界に挑戦する!!
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ドルトムントユースとの試合前に受けた電話で、一美が誘拐されたと知ったトシ。動揺を隠しきれないトシは本来のプレーができないでいた。一方、絶体絶命の一美を救ったのは、偶然にも通りかかったあの光岡だった！ 駆けつけた一美の応援に形勢逆転のトシは、急遽加わった光岡と共に試合を引き分けへと持ち込む。日本へと戻ってきたトシたちの次の目標は、ワールドユースだ!! 『シュート！』完結。
シュート！。憧れの「背番号10」久保嘉晴（くぼ・よしはる）とプレイするために、新設の掛川高校に入学した田仲俊彦（たなか・としひこ）＝トシ。掛西中では活躍していた田仲だが、入院中の久保にも会えず、雑用ばかりやらされる毎日にうんざりしていた。が、マネージャー遠藤一美（えんどう・かずみ）の策略で、２年生と試合するはめに……。。。。。
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